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초고가 주택을 처분하면서 장기보유특별공제(장특공제)를 통해 수십억원의 양도소득세를 줄이던 절세 방식에 제동이 걸린다. 정부가 장특공제에 처음으로 금액 한도를 도입하는 한편, 보유기간보다 실제 거주기간을 중심으로 공제 체계를 전면 손질하기로 하면서다. 2029년부터는 오래 보유했더라도 실거주 기간이 짧으면 지금과 같은 공제 혜택을 기대하기 어려워질 전망이다. 재정경제부는 3일 발표한 '2026년 세제개편안'에서 장기보유특별공제 제도를 단계적으로 개편한다고 밝혔다. 핵심은 공제액 상한을 신설하고 실거주 중심으로 제도를 바꾸는 것이다. 가장 큰 변화는 공제 한도가 생긴다는 점이다. 현재는 공제율 요건만 충족하면 금액 제한 없이 장특공제를 받을 수 있지만, 2028년부터는 최대 20억원, 2029년부터는 최대 10억원까지만 장기거주소득공제가 가능하다. 공동명의 주택은 지분 비율에 따라 한도를 나눠 적용하며, 주택을 나눠 팔 경우에도 양도 비율에 맞춰 공제 한도가 배분된다. 예를 들어 부부가 절반씩 공동 소유한 주택을 처분하면 2028년에는 각각 10억원, 2029년 이후에는 각각 5억원까지 공제를 받을 수 있다. 정부는 이번 한도 도입이 초고가 주택에 세제 혜택이 과도하게 집중되는 문제를 해소하기 위한 조치라고 설명했다. 조만희 재정경제부 세제실장은 “장특공제가 (그간) 한도 없이 80%까지 공제가 되다 보니까 차액이 50억원, 100억원까지 난 분도 혜택을 보는 등 너무 과도한 혜택이 아니냐는, 과세 형평성 측면의 여러 지적이 많았다"고 말했다. 실제 정부 집계에서도 이러한 현상은 확인된다. 2024년 신고 기준 양도가액 12억원 초과 고가주택의 장특공제 규모는 약 5조1000억원이었으며, 이 가운데 약 90%인 4조6000억원이 서울 주택에서 발생했다. 공제 방식도 '오래 보유한 집'에서 '오래 거주한 집'으로 무게중심이 옮겨간다. 정부는 현행 장기보유특별공제를 주택과 비주택으로 분리해 운영하기로 했다. 주택은 '장기거주소득공제', 상가 등 주택 외 자산은 '장기보유소득공제'로 명칭을 바꾸고 적용 기준도 달리한다. 현재 1세대 1주택자는 양도가액 12억원을 초과하는 주택을 팔 경우 보유기간과 거주기간에 각각 연 4%씩 공제를 적용받아 최대 80%까지 세 부담을 덜 수 있다. 하지만 내년까지는 현행 제도를 유지한 뒤 2028년에는 보유 연 2%, 거주 연 6%로 비중이 조정되고, 2029년부터는 보유 공제가 폐지된다. 대신 거주기간에 대해서만 연 8%씩 최대 80%까지 공제가 인정된다. 구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관은 “거주하지 않는 기간에는 장기보유특별공제를 배제하겠다"며 “거주하는 1세대 1주택은 현재와 같이 10년간 최대 80% 공제를 적용해 최대한 보호하겠다"고 밝혔다. 다주택자도 실거주 여부가 공제의 핵심 기준이 된다. 지금은 비조정대상지역 주택에 대해 보유기간 기준 연 2%, 최대 30%의 공제를 받을 수 있지만, 2028년부터는 보유 연 1%, 거주 연 2% 체계로 바뀐다. 이후 2029년부터는 거주기간에 대해서만 연 2%, 최대 30%가 적용된다. 다만 조정대상지역 다주택자는 거주 공제 대상에서도 제외된다. 반면 상가 등 비주택은 기존처럼 보유기간에 따른 공제 방식이 유지된다. 개편 이후에는 실제 공제 규모도 크게 달라진다. 10년간 보유·거주한 1주택자가 25억원에 산 집을 75억원에 매도하면 현재는 공제율 80%를 적용받아 약 33억6000만원을 공제받을 수 있다. 그러나 2028년에는 공제액이 최대 20억원으로 제한되고, 2029년부터는 10억원까지만 인정된다. 실거주 기간이 짧은 경우 감소 폭은 더 커진다. 12억원에 취득한 주택을 32억원에 팔고 10년 보유했지만 실제 거주는 2년에 그친 1주택자는 현재 약 6억원의 공제를 받을 수 있다. 그러나 2028년에는 약 4억원, 2029년부터는 약 2억원 수준으로 공제액이 줄어든다. 정부는 최근 10~15년간의 주택가격 상승률 등을 고려해 공제 한도를 설계했다고 설명했다. 집값이 세 배 오른 경우를 기준으로 하면 양도가액 약 30억원 수준부터, 두 배 상승한 경우에는 약 37억원 수준부터 2029년 도입되는 10억원 한도의 영향을 받게 된다. 조만희 실장은 이와 관련해 “양도가액이 30억원가량 되고 3배 오른 분들 이하인 경우 10억원 한도에 걸리진 않고 40억원, 50억원 등 양도가액이 고액인 분들이 한도에 걸리게 된다"고 설명했다. 송재석 기자 mediasong@ekn.kr


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